Diseño Bioinformático

Los péptidos sintéticos tienen un amplio campo de aplicación y en investigación existen muchas áreas en las cuales son valiosas herramientas. El diseño de una secuencia adecuada para una aplicación determinada es un paso importante. Aunque existe la posibilidad de diseñar secuencias de novo, es más común utilizar secuencias derivadas de proteínas que se presentan de manera natural, ya sea como parte de una proteína de interés, o modificada partir de otras secuencias para mejorar una actividad determinada.

La Bioinformática es una disciplina que hace un gran aporte en esta tarea y actualmente es posible realizar muchos análisis in silico, antes de implementar la parte experimental, ganando tanto en tiempo como en inversión al enfrentar un estudio que involucre péptidos.

Existen actualmente muchos recursos bionformáticos en la red, desde bases de datos (Genbank, EMBL...), hasta software para diversos análisis; por lo que el uso adecuado y eficiente de estos recursos se vuelve una parte importante en la fase inicial de diseño de péptidos como herramientas en investigación.

La unidad de diseño y síntesis de péptidos del NBC-PUCV está en capacidad de realizar diseño de secuencias de acuerdo con el interés específico para el cual vayan a ser empleadas experimentalmente.

Algunas áreas de diseño y síntesis dentro de las cuales hemos participado:

  • Generación de anticuerpos para la detección de proteínas homólogas (Bethke et al 2012).
  • Diseño de péptidos a partir de secuencias naturales, con propiedades especificas (Cruz et al 2012; Arenas et al 2009; Jofre et al 2009).
  • Generación de péptidos interferentes contra patógenos.
  • Diseño de sondas para determinar presencia de patógenos.

Igualmente se presta asesoría en el análisis de secuencias genómicas y en general en el uso de herramientas bioinformáticas.

Referencias

Bethke J, Rojas V, Berendsen J, Cárdenas C, Guzmán F, Gallardo JA, Mercado L. Development of a new antibody for detecting natural killer enhancing factor (NKEF)-like protein in infected salmonids. J Fish Dis. 2012; 35(5):379-388. doi: 10.1111/j.1365-2761.2012.01354.x.

Cruz J, Ortiz CC, Guzmán F, Cárdenas C, Fernandez-Lafuente R, Torres RG. Design and activity of novel lactoferrampin analogues against O157:H7 enterohemorrhagic Escherichia coli. Biopolymers. 2014; 101(4):319-328. doi: 10.1002/bip.22360.

Jofré C, Guzmán F, Cárdenas C, Albericio F, Marshall SH. A natural peptide and its variants derived from the processing of infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) displaying enhanced antimicrobial activity: a novel alternative for the control of bacterial diseases. Peptides. 2011; 32(5):852-858. doi: 10.1016/j.peptides.2011.01.026.

Arenas G, Guzmán F, Cárdenas C, Mercado L, Marshall SH. A novel antifungal peptide designed from the primary structure of a natural antimicrobial peptide purified from Argopecten purpuratus hemocytes. Peptides. 2009; 30(8):1405-1411. doi: 10.1016/j.peptides.2009.05.019.